Program Pascasarjana terdiri dari Direktur dan Wakil Direktur, program studi dan Subbagian Tata Usaha. Dalam melaksanakan tugas Direktur di bantu dengan dua orang wakil Direktur, yaitu Wakil Direktur Akademik dan Kemahasiswaan, Wakil Direktur Umum dan Keuangan. Wakil Direktur bertanggung jawab kepada Direktur Pascasarjana. Tugas dari wakil Direktur Akademik dan Kemahasiswaan adalah membantu Direktur dalam memimpin pelaksanaan pendidikan, penelitian, pengabdian kepada masyarakat, kemahasiswaan, alumni, dan kerja sama  di lingkungan pascasarjana. Wakil Direktur Umum dan Keuangan mempunyai  tugas membantu Direktur dalam memimpin pelaksanaan kegiatan di bidang perancanaan, keuangan, kepegawaian, administrasi umum sistem informasi  dan sarana prasarana.